وتركزت اعتراضات الكنائس: الأرثوذكسية، والروم الأرثوذكس، والكاثوليكية، والأسقفية على مسألة عدم جواز النص على الزواج المدنى فى التشريع المقترح لأنه خارج تعاليم الإنجيل.

وحذرت هذه الكنائس من أن النص على الزواج المدنى سوف يتسبب فى الطعن فى دستورية هذا القانون، لأن المادة الثالثة من الدستور تنص على احتكام المسيحيين إلى شرائعهم فيما يتعلق بالأحوال الشخصية.

وأوضحت الكنائس الأربع أن قبول الزواج المدنى يعتبر اعترافا من الكنيسة بتقنين الزنا، ويعكس تأييدا للاتجاه العلمانى ولن يمكنها قبوله.

كما رفضت الكنائس المصرية حيلة تغيير الملة للحصول على الطلاق، وطلبت النص فى مشروع القانون على ضرورة الاحتكام إلى شريعة العقد الذى جرى الزواج به عند نظر قضايا الأحوال الشخصية.